В отдалённом будущем человечество решило проблему нехватки ресурсов путем создания исполинских кораблей класса «планетарный потрошитель», ведущих добычу полезных ископаемых из целых планет. Старейший из таких кораблей — USG «Ишимура» — едва приступил к потрошению пустынной необитаемой планеты Эгида VII в отдалённой системе, как внезапно прекратил выходить на связь.

Главный герой игры — инженер Айзек Кларк, который до потери связи с «Ишимурой» получил странное сообщение от своей возлюбленной Николь Бреннан, работавшей на корабле старшим медиком[9][10]. Управляющая компания высылает ремонтный челнок USG «Келлион», на борту которого, помимо Кларка, находятся два пилота, начальник службы безопасности Зак Хэммонд и специалист по компьютерным системам Кендра Дэниелс.

Команда достигает орбиты Эгида VII, где без особого труда находят безмолвный «потрошитель». Из-за неисправности во время стыковки «Келлион» врезается в посадочный отсек «Ишимуры», и карантинная система корабля нарушается. Внезапно на группу нападают неведомые монстры, убивая пилотов. Оставшимся в живых приходится разделиться, спасаясь бегством из причальной палубы. У выживших не остаётся другого выхода, как починить корабль и попытаться разобраться в происходящем.