Действие Warhammer  разворачивается в далеком будущем, где застойная человеческая цивилизация окружена враждебными инопланетянами и сверхъестественными существами. Модели в игре представляют собой смесь людей, инопланетян и сверхъестественных монстров, обладающих футуристическим оружием и сверхъестественными способностями. Вымышленный сюжет игры был разработан на основе большого количества романов, опубликованных Black Library (издательским подразделением Games Workshop). Warhammer 40,000 получил свое название от Warhammer Fantasy Battle, средневековой фэнтезийной военной игры, также созданной Games Workshop. Warhammer 40,000 изначально задумывался как научно-фантастический аналог Warhammer Fantasy, и хотя они не связаны друг с другом в общей вселенной, их настройки имеют схожие темы.

Warhammer 40,000 породил большое количество побочных медиа. К ним относятся настольные игры, такие как Space Hulk, в которых рассказывается о битвах в узких коридорах заброшенных космических кораблей, и Battlefleet Gothic, в которой имитируется космический бой. Также были выпущены спин-оффы видеоигр, такие как серия Dawn of War.